Hello,
Dans tes futurs demandes tu devras, en effet, indiquer que tu es déjà resté "en situation illégale" sur un territoire. Ça pourrait retarder le traitement de ta demande et IRCC pourrait te demander des info complémentaires oui. Ça ne signifie pas que ta demande sera refusée.

En fait, tu pourras savoir que quand tu feras ta demande.
Les 90 jours qui permettent de faire une demande de rétablissement ne donnent pas de statut légal, c'est simplement un délai de tolérance que donne le Canada pour légaliser son statut donc ce n'est pas vraiment un justificatif pour rester au Canada sans statut.