Salut
Tout d'abord, je suis désolée de ces soucis avec ton entreprise "A"...

C'est sûr que cela apporte des conséquences .
Tu aurais dû demander à faire le changement (même si tu avais travaillé "illégalement" pour l'entreprise B en attendant), mais bon, maintenant c'est trop tard.
Le pire conseil serait de te dire de mentir.
Est-ce que ta demande de PVT (ou tout autre demande d'immigration) sera refusée si tu admets ne pas avoir mis à jour ton permis ? Je ne sais pas... si tu avoue le truc, peut-être qu'ils pourront passer par dessus.
Je te conseillerais de préparer un paragraphe supplémentaire dans ta lettre de motivation, disant que tu as dû changer d'entreprise pour ton stage.
Et croiser les doigts pour que ça passe ...
Bon courage pour ta demande et pour l'attente.