J'ai ce problème aussi ! Je ne pas aller faire les démarches de départ et mon avion est pour bientôt :/
Hello, en théorie tu dois aller te désinscrire à la mairie de l'arrondissement de l'adresse mentionnée au dos de ta carte de résident (et par extension, ça induit ta désinscription de la sécurité sociale).
Après, je ne pense pas que cela pose de problème si tu ne le fais pas, l'adresse indiquée continuera juste de recevoir du courrier quelques temps je suppose.
Lorsque tu quittes le Japon en PVT, tu devras indiquer que tu ne comptes pas rentrer de nouveau dans le pays, signeras un papier et l'agent poinçonnera ta carte de résident pour indiquer qu'elle n'est plus valide. Pour faire ça, il ne m'a pas été demandé une quelconque preuve de dés-enregistrement à la mairie.
J'ai rencontré des pvtistes peu à cheval sur les formalités administratives et je n'ai jamais entendu quelqu'un dire qu'il avait eu des problèmes de ce type à l'aéroport
Bon retour !