Très bonne question, les loyers sont en effet beaucoup moins chers à la campagne, le seul problème est que les structures accueillant les étrangers (telles que sharehouse) y sont très rares...
Et vu la difficulté pour un étranger, d'autant plus avec un simple PVT, de louer un appartement en passant par le système traditionnel, cela rend les choses encore plus compliquées.
Également il n'y a pas ou peu de travail à la campagne, ce qui pose tout de même problème au niveau financier (pour la plupart).
Donc si tu veux aller en campagne campagne, mieux vaut compter sur le woofing ou helpX (logement gratuit contre travail).
Pour les sharehouses dans les villes secondaires, tu peux tenter ta chance sur les sites de sharehouse :
Search shared houses in Tokyo and other cities in Japan. | Guest House Bank