Je confirme qu'il est possible de changer de statut malgré ce qui est inscrit sur le site de l'ambassade. Je connais plusieurs personnes qui l'ont fait, dont mon mari et moi-même.
Mon mari est passé de PVT à visa de travail un mois après son arrivée (cafouillage dans son visa de travail VIE, donc il est arrivé avec le PVT - comme il l'avait déjà - puis a changé sur place). L'entreprise avait d'ailleurs précisé que ce cas de figure avait déjà été rencontré et que le changement s'est fait sans problèmes.
J'ai moi-même fait le changement de statut il y a un mois, pour passe au visa Dependent. Aucune remarque, aucune question, tout s'est fait en douceur. C'était presque la fin de mon PVT ; je n'ai demandé qu'une prolongation d'un an, et ils m'ont même accordé un visa de 3 ans...
En fait au moment de faire mon changement de statut, mon mari avait écrit à la personne d'Ubifrance au Japon pour demander les documents nécessaires, et en même temps demander si le changement de statut était faisable. La personne avait répondu que théoriquement, c'est censé être impossible, mais qu'au final ils le faisaient tout le temps.
Il y a d'ailleurs un article à ce sujet sur VisaJapon:
Changer un visa Vacances-Travail pour un visa Travail sans sortir du Japon | Visa Japon