Bonjour Nicolas,
Oui, tu peux tout à fait te rendre au Canada, activer ton PVT puis rentrer en France quelques temps puis retourner au Canada sans problème. Simplement, le décompte des deux ans de PVT commence à partir de l'activation de celui-ci, donc si tu retournes 3 mois en France, tu perds 3 mois de ton PVT.
Une autre option, serait de refaire une visite médicale pour que celle-ci soit bien valide au moment où tu décideras de te rendre au Canada.