Un peu délicat comme situation... Même si tu n'es pas réellement fautif au vu de ton histoire.
Reste que oui... tu dois activer officiellement ton permis de travail (stage) pour régulariser ta situation, et obtenir ton NAS/SIN. Présentement, tu n'as même pas le droit d'être à ton lieu de stage et d'effectuer le moindre travail.
Cependant, je ne pense pas que la douane t'embêtera (elle te posera des questions) car j'imagine que tu as tous tes papiers pour être en règle. Un peu stressant comme situation, mais on croise les doigts.
[AJOUT]
Je viens de tomber sur cela :
Guide 5580 - Demande de permis de travail - Guide des étudiants
Dans la section "Résidents temporaires munis d’un passeport", il y a une indication qui semble dire que le tampon pourrait suffire. Mais ceci dit... je ne suis pas un agent de l'immigration.
Sinon, toujours selon cette page, tu rentrerais dans la situation "Rétablissement du statut".