Si je comprends bien, c'est à son arrivée en septembre (date supposée de son immigration) qu'il pourrait avoir un problème avec l'agent ?
Car pour le moment il a juste son allé-retour pour les trois semaines de vacances en mars/avril.
Non, justement, si "problème" il y a, ça peut être à son arrivée pour ses vacances car l'agent peut à ce moment là voir qu'il a une demande de PVT acceptée et vouloir lui activer de suite.
Dans les faits, ce serait vraiment pas de bol et chien de la part de l'agent de le faire, en sachant que ton copain aura manifestement de quoi le convaincre qu'il sera effectivement là uniquement pour trois semaines de vacances et qu'il ne viendra pour son PVT qu'en septembre... mais ça peut théoriquement arriver.
Conseils : sauf si l'agent en fait mention, ton copain n'a pas intérêt à parler de son PVT, ça risque plus de faire douter l'agent qu'autre chose. Si question, il lui suffira d'expliquer la vérité "j'avais prévu ces vacances de trois semaines avant de pouvoir faire ma demande de PVT. Par chance, ma demande a été acceptée. Je compte revenir en septembre pour commencer mon PVT mais là, comme j'avais le billet d'avion, non remboursable, j'ai maintenu mes petites vacances" (avec ses mots à lui, mais tu vois l'idée).
En septembre, il lui suffira de dire qu'il vient pour son PVT et d'avoir tous les justificatifs pour obtenir ses deux ans. Le fait d'être venu en mars ne posera pas de souci. Si on lui pose des questions sur son séjour, ce sera du style "êtes-vous déjà venu au Canada ?" "Quand ?" Aucun piège, il suffit d'être relax et de répondre la vérité.